Dentre as culturas com potencial para o biodiesel tem-se as anuais e as perenes. Dentre as culturas anuais destacam-se a soja, o girassol, o algodão, o amendoim e a mamona, espécies muito pesquisadas. Nesta categoria, a pesquisa deve estudar o potencial de espécies novas, a exemplo da canola que pode ser cultivada em altitudes de 600 m, utiliza o mesmo parque de máquinas da soja, implantada na safrinha, sua família é distinta das tradicionais e seu óleo e subprodutos apresentam alto valor comercial. A canola apresenta genótipos que produziram mais de 2 toneladas por hectare em Goiás, Paraíba e Mato Grosso do Sul, resultados publicados por pesquisadores da EMBRAPA Trigo, destacando-se Ph. D. Gilberto Omar Tomm.
As espécies perenes possuem um potencial maior de produção de óleo por unidade de área e tempo, ultrapassando de 4 toneladas de óleo por hectare ano, além disso, são menos suceptíveis às disponibilidades hídricas. No entanto, a pesquisa tem uma tarefa de desenvolver tecnologias voltadas a seu cultivo e identificar genótipos, dentro de cada espécie, que são mais produtivos. Neste grupo temos inúmeras espécies, como o pinhão manso, o dendê, o pequi, a macaúba, a andiroba e o tucuma.
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